Vermutlich sind genetische und umweltbedingte Faktoren an der Genese der FMD mitbeteiligt, aber die genauen Ursachen sind noch nicht geklärt und Gegenstand intensiver Forschung.

Genetik

Die Erforschung genetischer Aspekte wird sowohl in der genealogischen Analyse als auch in der Grundlagenforschung behandelt.
Die genealogische Analyse wird durch die in den FMD-Registern (USA und Europa) gesammelten Daten ermöglicht. Es zeigt sich, dass nur eine Minderheit der Patienten (1,9 – 7,3%) angibt, dass ein weiteres Familienmitglied mit FMD diagnostiziert wurde.
Die Grundlagenforschung sucht nach Genen, die für FMD verantwortlich sind. Bisher wurden keine genetischen Tests, die für FMD spezifisch sind, gefunden.

Das Studium der genetischen Aspekte hat wichtige klinische Implikationen:
(1) Wenn bei einem Patienten FMD diagnostiziert wird, gibt es bisher keinen Grund, andere Familienmitglieder zu untersuchen, solange sie keine Symptome haben
(2) Derzeit gibt es keine genetischen Tests für FMD 

Umweltfaktoren

Rauchen wurde als potenzieller Faktor bei der Entwicklung von FMD identifiziert, bei FMD-Rauchern trat Bluthochdruck in jüngeren Jahren festgestellt, und man fand eine höhere Rate von Aneurysmen. Daher wird Patienten mit FMD dringend empfohlen, mit dem Rauchen aufzuhören.

Eine Rolle der weiblichen Hormone liegt nahe aufgrund des höheren Frauenanteils unter den FMD-Betroffenen. Allerdings gibt es derzeit keine gesicherten Belege dafür, dass orale Kontrazeptiva, Hormonersatztherapie oder Schwangerschaft die Wahrscheinlichkeit der Entwicklung oder des Fortschreitens der Erkrankung erhöhen.

Andere mögliche Ursachen können Anomalien in der Entwicklung der kleinen Gefäße sein, die die Arterienwände versorgen, wiederholte Dehnung der Nierenarterie oder Nierenbeweglichkeit, aber die Bedeutung dieser Mechanismen wurde bisher nicht bestätigt.